L'origine della chiesa di Santa Maria alla Fontana risale al 1508 per opera di Giovanni Antonio Amadeo, un interprete lombardo dell'arte fiorentina, appartenente alla Veneranda Fabbrica del Duomo.
La zona sulla quale si eresse la chiesa era costituita da un lieve avvallamento del terreno, ma la grande peculiarità del luogo consisteva in una fonte d'acqua sorgiva proveniente da un pietrone.

Gli undici zampilli della fonte conquistarono fama di essere miracolosi. Alcuni sostenevano che S. Momaso dopo essere stato assassinato, venne gettato nella risorgiva che divenne miracolosa; secondo altri, invece, l'acqua venne fatta scaturire dalla Vergine, apparsa a tre nobili fanciulli francesi stremati da una battuta di caccia. La miracolosità della fonte diede origine a pellegrinaggi e guarigioni continue, cui prese parte anche un governatore di Milano, Carlo II d'Amboise. Le lapidi collocate nei chiostri testimoniano la sua presenza. Il complesso si offrì non solo come struttura religiosa, ma ospitò una specie di clinica per benestanti che venne fatta in seguito rientrare tra i tre grandi ospedali della città, anche se di dimensioni minori.